Com o sumiço dos heróis na saga anterior, os humanos começaram a se revoltar com os mutantes, já que eles foram os únicos a sobreviverem à batalha com Massacre. A morte de Graydon Creed (filho de Mística e Dentes-de-Sabre) um dos mais importante anti-mutantes da época também só piorou a situação. O cenário para os mutantes estava estreito e culminou no Programa: Tolerância Zero, criado pelo anti-mutante Bastion, que há meses estavam se infiltrando no governo e abrindo campo para seus objetivos contra eles.
Esta operação multinacional incluía a criação de diversos supra-sentinelas e bases de operação. Inicialmente, o projeto foi um sucesso, com os X-men capturados e a Mansão X invadida. Tudo parecia ir de mau a pior quando alguns dos procedimentos de Bastion foram descobertos, como a utilização de cobaias humanas para a criação dos supra-sentinelas. Com isso, o vilão foi preso e a operação finalizada. Xavier, que havia sido preso, é resgatado em edições posteriores. Como curiosidade, foi nesse período que Dominó foi capturada e teve seu cabelo cortado.
Para conhecer melhor esta saga leia as edições X-Men #127, X-Men #128, Wolverine #87, Wolverine #88 e Especial do Mês #1: X-Force, publicados pela Abril em 1999.
Com os maiores heróis do mundo desaparecidos, houve a necessidade de um novo grupo surgir e deixar a população mais calma. Com essa deixa, o grupo de vilões Mestres do Terror, liderado pelo Barão Zemo, se passam por super-heróis, a fim de darem um golpe. Eles chamaram este novo grupo de Thunderbolts, composto pelo Cidadão V, Atlas, MACH-1, Meteorita, Soprano e Tecno. Logo se juntou à equipe a inocente Choque. O que era pra ser um golpe, aos poucos a equipe foi mudando de foco. Para conhecer melhor o surgimento dos Thunderbolts e suas primeiras missões, leia Especial do Mês #3: Thunderbolts (Ed. Abril, 1999).
Nessa época os x-man Noturno, Lince Negra e Colossus faziam parte do grupo Excalibur, uma espécie de X-Men inglês com base na Ilha Muir. Faziam parte do grupo, também, Douglock, Capitão Britânia, Meggan e Lupina. O grupo encerrou as atividades após o casamento de Cap. Britânia e Meggan, com os mutantes voltando aos X-Men mais tarde. O casamento teve diversos convidados famosos como Anjo e Psylocke. Os últimos momentos do Excalibur e o casamento entre s heróis foram publicados em Especial Do Mês #4: Excalibur, lançado pela Abril no fim de 1999.
Com a ajuda de Ferris, seu robô-ajudante, Magneto obteve o controle de toda a energia magnética do mundo, inclusive o campo eletromagnético da Terra, ameaçando toda a humanidade. Para impedi-lo, Joseph (clone de Eric) se sacrifica, anulando a ameaça.
Surge Alda Huxley que, a comando da ONU, entrega à Magneto poder pleno em controlar toda uma nação, em troca de nunca mais ameaçar a humanidade. A nação em questão é o país arruinado de Genosha, onde outrora escravizavam mutantes e atualmente passa por uma forte guerra civil. Magneto aceita o acordo e os X-Men presenciam a cena, sem poder fazer nada, com exceção de Wolverine, que queria matá-lo, mas foi impedido por Xavier. Com posse de Genosha, Magneto inicia o processo de regenerar o país, tendo o apoio de outros mutantes e personalidades locais, como Fabian Cortez (capaz de aumentar os poderes de Eric) e o filho do Genengenheiro, se tornando ministros.
Fil Felix é autor, ilustrador e psicanalista. A Central dos Sonhos é seu universo particular, por onde aborda questões como memórias, desejos e infância. Fã de HQs, escreve seus comentários sobre quadrinhos desde 2011, totalizando mais de 600 reviews. Já escreveu sobre arte para diversos blogs como Os Imaginários e a coluna Asas da editora Caligo. Ilustrou os livros infantis Zumi Barreshti (2021, Palco das Letras) e Meu Avô Que Me Ensinou (Ases da Literatura), entre outras publicações.