Com o sumiço dos heróis na saga anterior, os humanos começaram a se revoltar com os mutantes, já que eles foram os únicos a sobreviverem à batalha com Massacre. A morte de Graydon Creed (filho de Mística e Dentes-de-Sabre) um dos mais importante anti-mutantes da época também só piorou a situação. O cenário para os mutantes estava estreito e culminou no Programa: Tolerância Zero, criado pelo anti-mutante Bastion, que há meses estavam se infiltrando no governo e abrindo campo para seus objetivos contra eles.
Esta operação multinacional incluía a criação de diversos supra-sentinelas e bases de operação. Inicialmente, o projeto foi um sucesso, com os X-men capturados e a Mansão X invadida. Tudo parecia ir de mau a pior quando alguns dos procedimentos de Bastion foram descobertos, como a utilização de cobaias humanas para a criação dos supra-sentinelas. Com isso, o vilão foi preso e a operação finalizada. Xavier, que havia sido preso, é resgatado em edições posteriores. Como curiosidade, foi nesse período que Dominó foi capturada e teve seu cabelo cortado.
Para conhecer melhor esta saga leia as edições X-Men #127, X-Men #128, Wolverine #87, Wolverine #88 e Especial do Mês #1: X-Force, publicados pela Abril em 1999.
Com os maiores heróis do mundo desaparecidos, houve a necessidade de um novo grupo surgir e deixar a população mais calma. Com essa deixa, o grupo de vilões Mestres do Terror, liderado pelo Barão Zemo, se passam por super-heróis, a fim de darem um golpe. Eles chamaram este novo grupo de Thunderbolts, composto pelo Cidadão V, Atlas, MACH-1, Meteorita, Soprano e Tecno. Logo se juntou à equipe a inocente Choque. O que era pra ser um golpe, aos poucos a equipe foi mudando de foco. Para conhecer melhor o surgimento dos Thunderbolts e suas primeiras missões, leia Especial do Mês #3: Thunderbolts (Ed. Abril, 1999).
Nessa época os x-man Noturno, Lince Negra e Colossus faziam parte do grupo Excalibur, uma espécie de X-Men inglês com base na Ilha Muir. Faziam parte do grupo, também, Douglock, Capitão Britânia, Meggan e Lupina. O grupo encerrou as atividades após o casamento de Cap. Britânia e Meggan, com os mutantes voltando aos X-Men mais tarde. O casamento teve diversos convidados famosos como Anjo e Psylocke. Os últimos momentos do Excalibur e o casamento entre s heróis foram publicados em Especial Do Mês #4: Excalibur, lançado pela Abril no fim de 1999.
Com a ajuda de Ferris, seu robô-ajudante, Magneto obteve o controle de toda a energia magnética do mundo, inclusive o campo eletromagnético da Terra, ameaçando toda a humanidade. Para impedi-lo, Joseph (clone de Eric) se sacrifica, anulando a ameaça.
Surge Alda Huxley que, a comando da ONU, entrega à Magneto poder pleno em controlar toda uma nação, em troca de nunca mais ameaçar a humanidade. A nação em questão é o país arruinado de Genosha, onde outrora escravizavam mutantes e atualmente passa por uma forte guerra civil. Magneto aceita o acordo e os X-Men presenciam a cena, sem poder fazer nada, com exceção de Wolverine, que queria matá-lo, mas foi impedido por Xavier. Com posse de Genosha, Magneto inicia o processo de regenerar o país, tendo o apoio de outros mutantes e personalidades locais, como Fabian Cortez (capaz de aumentar os poderes de Eric) e o filho do Genengenheiro, se tornando ministros.
Fil Felix é ilustrador e escritor. Criador dos conceitos e personagens do universo da Central dos Sonhos. Fã de HQs, gosta de escrever reviews desde 2011, totalizando mais de 600 delas em 2023. Já escreveu sobre arte para diversos blogs como Os Imaginários e a Coluna Asas da editora Caligo. Ilustrou seu primeiro livro infantil em 2021: Zumi Barreshti, da editora Palco das Letras.